Lze podat žalobu proti nečinnosti SO (§ 79 SŘS). Bude třeba prolomit oba důvody, proč mají SO odpor za opožděný - tedy zda byl mail řádně elektronicky podepsán, a kdy bylo doručeno.
To první, jste-li si jistý, že je mail v pořádku, by nemusel být problém (ale pozor na to, kdy expiruje certifikát, kterým to bylo podepsáno, po konci jeho platnosti už striktně vzato nelze ověřit cokoliv, co jím bylo v minulosti podepsáno). Jak jsem varoval, mailové potvrzení z podatelny nemusí být důkazem, že úřad úspěšně ověřil podpis na podání, není-li to tam explicitně uvedeno. Pravděpodobně jim v té podatelně straší, jako první věc by to chtělo vidět, jak to mají založeno ve spisu (bývá tam nějaká průvodka, případně úřední záznam o tom ověření, pokud by ho dělali ručně, nebo něco jiného - moje fantazie na Š*ce nemusí stačit, ale určitě tam něco je, na základě čeho i KÚ tvrdí, že to nebylo podepsané).
Pokud to budete řešit u správního soudu, musíte navrhnout nějaký důkaz. Můžete zkusit jen nějaké odborné vyjádření (či rovnou znalecký posudek, případně jeho zpracování navrhnout) na základě vaší kopie toho mailu a neřešit, co s tím prováděl adresát, ale mnohem jistější by bylo i prokázat, co tam mají blbě. Pokud sám nic nenavrhnete a nenabídnete, udělá soud přesně to samé, co KÚ, vyjde z (předpokládejme chybného) ověření podpisu založeného ve spisu, nějakou vámi dodanou přílohu (která navíc může a nemusí být shodná s tím, co jste poslal) sám zkoumat nebude, ostatně ani nemá jak.
Druhá věc je prolomit názor ohledně okamžiku doručení. KÚ nevyhrabal úplně špatný rozsudek (a myslí si, že když našel něco od NSS, tak vyšší bere), ale je to hratelné, situace řešená v jimi odkazovaných judikátech se dost liší a 33 A 45/2016 by mohl přežít, či dokonce povýšit, pokud byste to vy či úřad dotáhnul až k NSS. Ale rozhodně to není jisté.
Lhůta na nečinnostní žalobu je luxusní, tak v klidu rozmyslete, jestli do toho půjdete. Pokud ano, nějak s tím určitě pomůžu (neslibuju, že kompletně „na klíč“).