Ano, aplikuje se to tak, že tento účinek později zrušeného rozhodnutí zůstane zachován. AFAIK za tím není nic extra hlubokého, základem je prostý jazykový výklad, kde je účinek přerušení promlčení přiznán vydání rozhodnutí o vině a už se tam nic nepíše o tom, že by následné zrušení na tom něco měnilo. Asi by se našly nějaké paralely v trestním právu, kde funguje podobná konstrukce přerušování běhu promlčecí doby (je to přiznaný inspirační pramen pro aktuální úpravu promlčení přestupků).
Ale asi by to stálo za hlubší rešerši. Pokud se nenajde přesvědčivá judikatura, která by to jednoznačně řešila, dalo by se to zkusit zpochybnit, argumenty by se našly. Z hlediska teorie (správního) práva je přerušení promlčení tzv. "jiným účinkem" rozhodnutí, a podle § 85 správního řádu, není-li rozhodnuto jinak, má podané odvolání odkladné účinky i ohledně jiných účinků rozhodnutí. A pokud by SO tento účinek ohledně přerušení promlčení vyloučil, nebo by se to z nějakého důvodu bralo tak, že implicitně tento účinek je jakoby předběžně vykonatelný, pak pro zrušující rozhodnutí platí § 91(2) odkazující na § 99 správního řádu, podle kterého v zásadě u rozhodnutí, kterým byla uložena povinnost (což je i každé rozhodnutí o vině), by měly účinky zrušení rozhodnutí nastat tzv.ex tunc, tedy už od okamžiku vydání rozhodnutí (a tedy i anulovat to přerušení). I z hlediska teleologického výkladu a racionality celé úpravy přerušování je to hájitelné, úmyslem zákonodárce evidentně bylo předejít tomu, aby masově docházelo k promlčení přestupků, které byly řádně projednány a bylo rozhodnuto o vině, jen z důvodu, že nestihnul SO2 rozhodnout o odvolání, ale ne nutně to, aby aby SO1 mohl den před promlčením účelově vydat nezákonné rozhodnutí o vině jen kvůli účinku přerušení s tím, že bude mít dalších x pokusů udělat to "správně". Výklad, že vydání rozhodnutí o vině přeruší promlčení jen tehdy, nabude-li později právní moci, by dával smysl.
Každopádně to jen tak na okraj a pro někoho, kdo by nevěděl co s volným časem a měl nedostatek dlouhodobých projektů z kategorie průzkum bojem. Ptáte-li se čistě prakticky, tak viz první odstavec, přerušení platí, je-li časová řada spáchání skutku (T1), zahájení řízení (T2), rozhodnutí SO1 o vině (T3), zrušení tohoto rozhodnutí odvolacím orgánem a vrácení k dalšímu řízení (T4), tak může následovat další rozhodnutí o vině (T5). Promlčeno by bylo, kdyby některý z intervalů (T1,T2), (T2,T3) či (T3,T5) byl delší než rok (resp. 3 roky u přestupků s horní sazbou 100k+).
EDIT: Oprava dle Lafayette o příspěvek níže, díky.