[...] Jsou to dva ruzne paragrafy. Tak uz to asi dava smysl 
Čísla paragrafů nejsou až tak podstatné, ta se budou lišit už proto, že jedno je trestní věc a druhé správní/přestupková. Jde o podstatu toho deliktu - pokud jde o samotné zakázané řízení auta (přičemž by nemělo hrát roli, zda je důvodem vybodování, potažmo administrativní ztráta ŘO, úřední zákaz atp.), nebo nějaký nesouvisející skutek, např. něco kolem toho technického stavu.
Jak už jsem psal, nejste-li si jist, hoďte sem, stačí výrok obou příkazů - obvykle to začíná, že tehdy a tehdy ten a ten cosi dělal (zde že vy jste řídil vozidlo tam, kde vás chytili), pak nějaké další okolnosti (aniž by byl držitelem ŘO), pak nějaké "čímž spáchal" a citace z paragrafů a nakonec trest.
[...] Proč mě ale soud nepotrestal za oba skutky zároveň?
Fakt těžko říct, když nevíme, co to přesně je za skutky. Ale obecně, soudní a správní trestání je v tuzemském systému striktně odděleno, existují nějaké průniky, že podobný skutek v závislosti na intenzitě, dalších parametrech, místních zvyklostech či jednoduše náhodě může být posouzen jako přestupek i trestný čin, ale to jsou spíše výjimky, většinou je jasně dáno, zda je to věc trestněprávní či přestupková, a příslušné orgány si navzájem nemohou lézt do zelí. Není to jediné možné řešení, někde tu dualitu přestupek/trestný čin nemají vůbec, někde trestní soud funguje jako vyšší instance k řešení přestupků, ale v Kocourkově to zkrátka je tak, jak to je. Nějaké korektivy tam jsou, např. § 86(5) PřesZ, ale na ten to zde nevypadá, když trest od úřadu je vyšší než od soudu ...
[...] Dá se k podání odporu nějak připojit vyjádření pro toho, kdo to bude posuzovat? Protože s obviněním z toho činu naprosto nesouhlasím. 
Ano, k odporu se dá připojit vyjádření, kde může být cokoliv, jak formální argumentace, tak nové skutečnosti mířící třeba na polehčující okolnosti či jinak ovlivňující výši trestu. Technicky jde o samostatný úkon, odpor je jen samotné "podávám odpor", nemusí být nijak odůvodněn a nikdo o něm nerozhoduje, ruší příkaz bez dalšího. S vyjádřením není třeba spěchat, bude na něj dost prostoru v dalším průběhu řízení, a obecně je výhodnější počkat si jak věc hodnotí správní orgán, a teprve pak vyložit vlastní obranu. Stručně uvést základní věci, na které tak jako tak v řízení dojde, ale v zásadě není nic proti ničemu zároveň s podáním odporu.