Nejdřív reakce na enzym: § 179(1) SprŘ je o něčem jiném, tam šlo o vztah mezi SprŘ/1967 a SprŘ/2004 a řízení, která probíhala v okamžiku vejití nového SprŘ v účinnost.
K samotnému dotazu. TL;DR: Postup SO je nejspíš v pořádku.
Je třeba rozlišit hmotněprávní úpravu a proces. To druhé je pro sprdel vcelku jednoduché. Před účinností PřesZ/2016 byla jediná procesní úprava pro řízení o sprdeli v SprŘ (plus specifické věci v ZPPK týkající se odpustku, ty ale zůstaly nedotčeny). Po účinnosti PřesZ/2016 se řízení opět vede podle SprŘ, ale pár věcí nový kodex upravuje pro přestupky (všechny, tedy v původní terminologii přestupky, správní delikty PO, správní delikty PFO a tzv. jiné správní delikty) jinak. Tedy to není moc velká změna, jedním z postřehnutelných rozdílů je např. neukládání nákladů v případě příkazu vydaného jako první úkon v řízení.
Co s probíhajícími řízeními řeší právě § 112(4) PřesZ/2016 a řeší to tak, že rozjetá řízení se mají dokončit podle dosavadních předpisů, tedy podle SprŘ bez přihlédnutí k ochylkám zavedeným novým kodexem. To ale platí jen pro procesní stránku, pro samotné hmotněprávní posouzení platí zásada in favorem - viz § 2(1) a § 112(1,3) PřesZ/2016. Úřad by tedy správně měl vést řízení podle SprŘ, ale při posouzení samotného deliktu by měl porovnat úpravu účinnou ke dni spáchání i tu účinnou od 1. 7., vybrat tu příznivější (případně konstatovat, že jsou při aplikaci na konkrétní případ identické) a podle toho rozhodnout. Pokud to opomene, lze to v odvolání namítnout.