Ano, mají to (nejspíš) spočítané blbě. Podle aktuálního znění § 32 PřesZ je jednoznačné, že stavení promlčecí doby se týká i té delší (tzv. objektivní) 3leté hranice. Do novely to bylo přinejmenším sporné. Té důvodové zprávě bych tolik nevěřil, kocourkovské zákony (včetně recentní tvorby, teoreticky zpracovávané profesionálními legislativci, a prošlé mnoha filtry - LRV počínaje, a Senátem konče) jsou zoufale nekvalitní, a míst, která působí výkladové problémy, jsou v nich mraky (a často to ani není o nějakém hodnotovém střetu mezi svobodou jednotlivce a veřejným zájmem atp. - je to prostě jen bordel, ani sám autor není schopný říct jak to myslel, ani jak by to mělo být). Přestože o mnoha takových zjevných chybách se ví, zákonodárci ani gesčním ministerstvům to žíly netrhá - protažení "patche" legislativním procesem jim stojí za tu "námahu" jen v malém zlomku případů, a prakticky nikdy se tak neděje čistě v zájmu přehlednosti (tj. stará i nová verze má přesně stejný výklad, nikdo o tom nepochybuje, jediný rozdíl je v tom, že novou verzi snadno a správně pochopí i bába Vomáčková).
IIRC tuhle konkrétní věc (tj. přesnou povahu objektivní promlčecí doby) mainstreamové komentáře neřeší, a nevím ani o tom, že by to někde bylo tématizované. Souhlasím, že minimálně ve vztahu k soudnímu řízení bych při nedostupnosti jiných pramenů než textů zákonů jako pravděpodobný ustálený výklad viděl to, co tam zavedli patchem (tedy že se lhůta staví - už proto, že v obecnější podobě je to stavící pravidlo i přímo v SŘS) - ale motivací k urychlené opravě nebylo žádné "zpřehlednění", ale to, že se objevil (zatím izolovaný) rozsudek, který to viděl jinak.
To ale jen tak na okraj, protože tímto směrem se úvahy MMB v konkrétní věci neubírají - v odůvodnění kromě obecných citací není nic - prostě uplynuly 3 roky, promlčeno. Jsou 2 možnosti - buď vliv soudního řízení nikoho ani nenapadnul, nebo jo, ale z nějakého důvodu už do toho sami nechtějí zabrušovat, tak to zkrátka takto odůvodnili s tím, že ani účastník se nebude hádat.
Chápu ratio Číkusova "paranoia"-schématu, ale myslím, že to je zbytečné až kontraproduktivní. Pokud zastavení nabyde PM, je jediný realistický způsob, jak věc ještě oživit, zrušení v přezkumu, což by bez návrhu musel udělat KÚ, a k tomu by se to nejdřív muselo nějak dostat. Sám MMB bez nápovědy těžko bude KÚ posílat podnět (kdyby měli chuť to řešit nějak jinak, nevydávají to zastavující usnesení), a aby v rámci náhodné kontroly zrovna toto KÚ vyhmátl a měli chuť se v tom ex offo vrtat je ještě méně pravděpodobné. Tedy stačí nechat to nabýt PM, vyčkat do skutečného (jistého) data prekluze, a na věc zapomenout. Vrtáním do věci nějakým odvoláním/neodvoláním a následně zpětvzetím sice může zajistit oddálení PM usnesení bez možnosti zahájit přezkum, ale zároveň tím na tu věc KÚ upozorníte, a pokud tam někomu dojde, že to promlčené není, tak to zkrátka zruší (buď v rámci toho odvolání, nebo ve zkráceném přezkumu, obratem od stolu). Ať už MMB neví, nebo dělá, že neví, ani jedné alternativě není výhodné se v tom rýpat.