Číslo jednací identifikuje konkrétní dokument či úkon. Více písemností, které mají nějakou věcnou souvislost, pak tvoří spis a jsou společně označeny spisovou značkou (ve věci, kde se vede správní řízení, zhruba odpovídá jeden spis jednomu řízení, ale není to úplně 1:1 - ve spisu jsou i úkony před zahájením řízení, může v něm být více řízení, např. u sprdelizovatelných přestupků všechny jeho fáze).
Způsobů konstrukce spisových značek a čísel jednacích jsou mraky, každý orgán to má trochu jinak - obvykle je v tom řetězci kromě identifikátoru věci (což by mohlo být klidně jen prosté pořadové číslo či nějaký hash) též plno self-contained informací, např. rok vzniku věci, označení orgánu a jeho složky (pobočky, odboru, oddělení ...), někdy i značka odpovědné osoby. Kódování těchto informací je někdy intuitivně zřejmé, někdy aspoň víceméně veřejné (jako např. rejstříky používané u soudů), jindy jen pro insidery (např. offsety některých číselných řad).
Pokud jde o vztah č.j. a sp.zn., existují 3 základní metody (a jelikož byrokracie není mým koníčkem, tak vám z hlavy nevysypu, které jsou či nejsou aktuálně přípustné u orgánů, se kterými se při řešení dopravních přestupků přijde do styku). 1) věc dostane jedinečnou sp.zn. a č.j. jednotlivých písemností je od ní přímo odvozeno jako sp.zn.-N kde N značí buď číslo listu spisu, nebo prosté pořadí, vzácně jiným způsobem konstruovanou rostoucí řadu, 2) sp.zn. a č.j. jsou nezávislé identifikátory z jiného jmenného prostoru, č.j. často poměrně jednoduché, např. jen číslo/rok s tím, že příslušná číselná řada je sdílena klidně celým úřadem - podstatné je, že z č.j. nelze nijak poznat, jaké věci se týká, tuto relaci zajišťuje čistě sp.zn. a 3) existuje pouze č.j. s tím, že stejně jako ad 2) nemusí být z pouhých č.j. nijak zjistitelné, zda se různé úkony týkají téže věci, nicméně jako identifikace spisu/věci místo zvlášť přidělené sp.zn. slouží libovolné do ní již zařazené č.j., zpravidla se používá to poslední.
Ve vašem případě patrně XXXX-YYYY-N označuje kusy spisu PČR, která používá metodu 1, tedy své č. j. konstruuje od své sp. zn. a připojí pořadí či číslo listu. Prvním dokumentem logicky bývá na místě sepsané oznámení, pak vždy PČR sepisuje i úřední záznam (který je obsahově značně redundantní, ale snad to má nějaký význam - proč se to dělá a co přesně má/musí úřeďák obsahovat navíc proti cancu sepsanému na místě by mohl třeba vysvětlit někdo, kdo to zde čte služebně). Tím to zhruba pro PČR končí, někdy to původní oznámení přepíšou do počítače, aby úřad nemusel luštit rukopis ozbrojených intelektuálů a Word aspoň trochu vykompenzoval neznalost pravopisu, občas se při tom něco „uvede na pravou míru“ (např. na pokyn por. Horvátha), ale častěji úřadu pošlou prvotní oznámení a jako přílohu i svůj úřeďák.
V tomto ohledu odkaz na XXXX-YYYY-5 nepůsobí podezřele, může to být ten úřední záznam, nebo nějaký průvodní dopis, kterým to PČR úřadu předává, nebo samotný záznam měření (výstup z radaru, to jediné, co z materiálů PČR má povahu důkazu). Nebo se třeba jen úředník ukliknul - ověřit to můžete ze spisu, ale i kdyby to bylo odkazované chybně, nejspíš z toho nepůjde nějak zvlášť těžit.