Bohužel, prošvihnout odvolací lhůtu je pravděpodobně konečná. Správní žaloba bude (bez dalšího) neúspěšná přesně z důvodu, který popisujete, tj. nevyčerpání opravného prostředku (srov. § 5 a § 68(a) SŘS). Podle okolností by možná šlo ještě odvolání dodatečně prosadit skrze navrácení v předešlý stav (tj. prominutí zmeškání lhůty), ale musel byste tvrdit a následně prokázat, že vám v podání zabránily závažné okolnosti, které jste nezavinil, srov. § 41 SprŘ. Případně bylo-li rozhodnutí doručeno fikcí, tak lze v podobném režimu požádat o určení neplatnosti či pozdějšího okamžiku doručení (srov. § 24(2) SprŘ).
Pokud toto neprojde, tak jedinou možností je přezkumné řízení (pokud podáte opožděné odvolání, tak SO poté, co jej jako opožděné zamítne, by ho měl automaticky posoudit i jako podnět k provedení přezkumného řízení). Rozdíl mezi odvoláním a přezkumem je ten, že podnět nemá suspenzivní účinek (tj. rozhodnutí je pravomocné a vykonatelné až do jeho případného zrušení, SO může rozhodnout o pozastavení vykonatelnosti, ale není to automatické), přezkoumává se jen zákonnost (tj. nelze provádět nové důkazy, otevírat skutkové záležitosti) a hlavně, na provedení přezkumného řízení není právní nárok a nelze se toho domoci ani soudně, je to čistě na libovůli nadřízeného SO, zda přezkumné řízení v zájmu udržení zákonnosti provede. V praxi to znamená, že tam musí být nějaký opravdu závažný a zjevný problém, jinak se vám na to vykašlou.
Teoreticky lze ještě obnova řízení (srov. § 100 SprŘ), pokud výhrady proti rozhodnutí jsou skutkové, ale tam je opět výluka v případě, že nové skutečnosti a důkazy mohly být uplatněny v odvolacím řízení. Takže byste musel opět minimálně tvrdit (optimálně i prokázat), že ty nové skutečnosti jste zjistil až po uplynutí odvolací lhůty.