Námitka podjatosti podaná po vydání rozhodnutí se posuzuje materiálně a považuje se za námitku odvolací. Nevím jak přesně vaše dřívější stížnost a námitka vypadala, ale obecně postupovali v rámci vymezeném judikaturou. I když o tom možná sami nevěděli, těžko říct. Teď jste ve stejné situaci, kdy jste poslal námitku po rozhodnutí.
Některé SO mají tendenci neuznat omluvu, která se jim nehodí do krámu, a odůvodnit to +- jakkoliv. Ale pozor, judikatura je všellijaká, (ne)uznávání omluv dost gumové. Rozhodně nespoléhejte na to, že když 9 z 10 SO podobnou omluvu uzná a ten 10. - váš ji neuzná, je jeho neuznání omluvy bez dalšího nezákonné. Doporučuji to velmi pečlivě a podrobně rozporovat, ověřit si splnění ustanovení správního řádu a přestupkového zákona o omluvách a naplnění podmínek specifikovaných zde: NSS 21.6.2013, 6 As 25/2013-23. Jinak reálně hrozí, že to SO2 podrží.