Foxik: IMHO se s tím nedá nic moc dělat, výklad toho nového znění § 58 je jednoznačný. Samozřejmě i na to NMgr. by se měla počítat doba + 1 rok, tedy jestli standardní doba jsou 2 roky a předtím neúspěšně studovala Mgr. taky 2 roky, tak první rok toho aktuálního studia by měl být ještě zdarma a platil by se až ten druhý.
Detaily k poplatkům (především jejich výši) musí VŠ stanovit ve statutu (přímo, nebo zprostředkovaně tak, že statut odkáže na nějaké další interní dokumenty) - což nepochybně má i MU. Dále má rektor/děkan možnost poplatek snížit nebo nevybrat, přičemž tohle právo lze využít víceméně autokraticky (není to standardní správní uvážení, kde by např. určitá zavedená praxe zakládala právo, nelze to vynutit soudně ...). Některé školy (což je patrně i ten případ UK, který zmiňujete) měly na tyhle „výjimky“ udělaná určitá formální pravidla a škatulky, protože se nikomu nechtělo každý případ zkoumat a rozhodovat individuálně.
Jestli to MU nemá, tak tím líp, protože se aspoň někdo bude seriózně zabývat žádostí o přiměřené snížení poplatku, což je momentálně asi nejlepší šance.