Máte hrozně otázek, ale protože k samotnému případu a jeho aktuální fázi neukazujete ani rozsudek KS, ani kasační stížnost KÚ, těžko se vyjadřovat k věci samé, tedy okomentuji jen ty procesní záležitosti.
K přerušení a promlčení - ano, dikce § 85 PřesZ v podstatě nedává SO na výběr, měl by řízení přerušit. Ale pořád je to věc vázaná na úkon SO, přerušení nenastává automaticky ze zákona, může se tedy stát, že k němu nedojde. Jako účastník řízení to nemusíte řešit preventivně, jednoduše počkáte, co udělá SO. Jinak samotné přerušení řízení promlčecí dobu nestaví ani nepřerušuje, ale je tam jiné písmenko, podle kterého se promlčecí doba staví po dobu vedení soudního řízení správního (a redundantně, resp. subsidiárně, je totéž v § 41 SŘS). Je možná ne úplně na první dobrou zřejmé, co to je soudní řízení "o věci" (technicky předmětem řízení o kasační stížnosti není původní přestupek, rozhodnutí o něm ani řízení, ve kterém bylo vydáno, ale jen napadené rozhodnutí KS a řízení před soudem), ale předpokládám, že to bude vykládáno tak, že i řízení před NSS lhůtu staví (ale je to jen odhad, nekonzultoval jsem komentáře ani judikaturu, kde by už snad vzhledem k 5leté účinnosti nového PřesZ mohly nějaké první vlaštovky existovat).
Pokud jde o náhradu škody, je třeba rozlišit různé fáze řízení. Předpokládejme, že u NSS se už karta neotočí. Pak tu především bude nezákonné rozhodnutí, a škody, které jsou v příčinné souvislosti s ním, můžete uplatnit v režimu OdpŠk. Pro existenci nároku tam v zásadě stačí, aby rozhodnutí bylo nabylo právní moci, a následně bylo zrušeno. Pokud jde o náklady, které jste měl se samotným řízením, v tomto režimu je můžete chtít od vydání toho později zrušeného rozhodnutí v prvním stupni (tj. už třeba náklady právního zastoupení v odvolacím řízení, které se v rámci správního řízení nijak nenahrazují, není vyloučeno takto uplatnit), a podobně lze uplatnit i účelné náklady spojené se soudním řízením v rozsahu, ve kterém nebyly nahrazeny samotným rozsudkem (např. rozdíl mezi paušální náhradou advokáta dle tarifu a skutečnou smluvní odměnou). Promlčení se počítá od zrušení toho rozhodnutí (§ 32 OdpŠk), nejde-li vám o nemajetkovou újmu, kde je doba pekelně krátká, dalo by se asi s uplatněním vyčkat do rozhodnutí NSS (je šance, že se to do těch 3 let stihne), ale nevidím k tomu důvod, prvním krokem je uplatnění u příslušného ministerstva, které to u sebe bude půl roku válet a téměř jistě vše zamítne - tahle fáze nic nestojí, není formálně složitá, není co zkazit. Teprve až toto proběhne, můžete jít k soudu - a tady můžete případně s podáním žaloby počkat do rozhodnutí NSS.
Náklady do vydání později zrušeného rozhodnutí nemůžete chtít v tomto režimu (nezákonné rozhodnutí těžko jako svůj následek způsobilo škody, když ještě neexistovalo). Tam připadá v úvahu škoda způsobená nesprávným úředním postupem (jak plyne i z citovaných nálezů), ale muselo by jít o nějaký zjevný exces úřadu. Např. to, že zahájil řízení na základě podkladů, které na to zjevně nebyly. Nebo že to řízení bylo vedeno tak, že vznikaly zbytečné náklady. Tuším-li podle vašeho popisu průběh vašeho případu, samotné zahájení asi nebude možné SO vytknout, a je-li důvodem zrušení rozhodnutí to, že SO vyšel z úředních záznamů a odmínul provést svědecké výpovědi, tak to spíš vypadá, že pospíchal, než že by generoval excesivní náklady.
Z hlediska dalšího průběhu samozřejmě nelze vyloučit, že sice bude rozsudek KS potvrzen, ale následně si SO zopakují řízení a znovu rozhodnou o vině (a vy už se soudit nebudete, případně nebudete úspěšný). Ani takový průběh nevylučuje nároky z toho nezákonného rozhodnutí (i když obsahově podobné rozhodnutí bude později vydáno už jako nikoliv nezákonné).