Chápu celou situaci tak, že paralelně běží 3 procesy.
1) primární linie
SO1 rozhodl vinen, SO2 (zřejmě nějaký KÚ) potvrdil, běží lhůta na žalobu. Pozor, ta se nijak neposouvá, chcete-li ji podat, dodržte 2 měsíce od původního doručení.
2) podnět k přezkumu
MD jako nadřízený orgán SO2 obdrželo podnět k provedení přezkumného řízení a rozhodlo se ho nezahajovat a oznámilo to podateli podnětu (vypadá to jako libovůle, ale je to zákonný postup, viz § 94 SprŘ, přezkum je dozorčí prostředek, orgán by sice při jeho využívání neměl postupovat svévolně, ale účastník se nemůže dovolat toho, aby v konkrétním případě bylo přezkumné řízení zahájeno, ani skrz správní soudnictví).
3) oprava
Podnět se nějak dostal ke KÚ (je jedno, zda jen mimochodem v rámci ministerského prověřování, nebo jim něco aktivně poslali a poradili). SO2 vydal opravné rozhodnutí a teď je otázka, zda to byly jen zřejmé nesprávnosti bez vlivu na rozhodnutí, nebo se snaží nad rámec toho, co zákon připouští, opravit i to, co tímto postupem opravovat nejde. Podejte odvolání (stačí v první fázi blanketní), tím se nic nezkazí, obsahově to těžko komentovat bez znalosti, co přesně KÚ zkouší tímto postupem opravit.
Časově se vám může potkat žaloba a řešení opravného rozhodnutí. Tím se nenechte rozhodit a klidně replikujte (tj. do žaloby proti původnímu znění rozhodnutí přihoďte jako další bod, že to navíc nezákonně SO zkouší žehlit opravným rozhodnutím, naopak do odvolání proti opravě můžete podle okolností použít nějaké kusy textu z žaloby). Tj. naservírujte všem kompletní menu, ať mají nad čím přemýšlet (sice sem tam něco bude navíc, např. soud nemůže posuzovat zákonnost opravy, když zatím není v právní moci, ale to ničemu nevadí).