Prošel jsem to jen rychle, ale chápu to správně, že žádné důkazy k prokázání závažných důvodů, které znemožnily provedení úkonu, jste zatím správnímu orgánu nepředložili, a chcete se točit jen na tom, že vás k tomu měli vyzvat? Tak to jste u soudu bez šance. Buď to prokázat nemůžete a pak je to rozhodnutí správné, nebo nějaký ten papír od doktora vygenerujete (případně i zpětně), pak ale budete těžko správnímu soudu vysvětlovat, proč ho taháte z kloubouku až teď.
Úřady mají pravdu v tom, že povinnost prokázat důvody leží na vás. Když nic takového není v žádosti, patrně nejde o vadu podání ve smyslu § 37 odst. 3 správního řádu, čímž by orgánu vznikla povinnost vás vyzvat k odstranění, náležitostí žádosti dle § 41 odst. 2 je pouze specifikace úkonu, který byl zmeškán, a jeho dodatečné provedení. Tj. můžete se dovolávat maximálně nějakého nepřiměřeného postupu či porušení zásad správního řízení (jak ostatně činíte v odvolání proti tomu usnesení), ale to je hodně slabá munice ...