Těžko říct, DŘ je od 1.1.2021 novelizován a vše je jinak. Berte vše následující s rezervou, protože to nemám vyzkoušené v praxi a novelu a její důvodovou zprávu jsem jen prolétnul.
Chytil-li jsem správně časovou osu, důvodem vzniku přeplatku je, že tu bylo pravomocné a vykonatelné rozhodnutí, na základě kterého jste zaplatil pokutu, a to rozhodnutí pak bylo zrušeno. První otázka tak je, zda takový přeplatek má správce daně vrátit ex offo, nebo jen na základě žádosti podle § 155 DŘ, a v jaké lhůtě. Odpověď je IMHO v § 155b(4) DŘ, podle kterého má být přeplatek vrácen ze zákona do 15 dnů od zrušení (a mělo by to skutečně být do 15 dnů od právní moci přezkumného rozhodnutí, bez ohledu na to, kdy se to fakticky od nadřízených SO dozvěděl SO, který pokutu v prvním stupni vyměřil a inkasoval, jde totiž pouze o procesní, nikoliv kompetenční dělenou správu, tedy se neaplikuje odkaz na § 160 DŘ). To samozřejmě nebrání tomu žádost podat. U žádosti je lhůta 30 dní, ale pokud redundantně žádám o něco, co mělo být vráceno ex offo a dřív, platí ta dřívější lhůta. Nějaká vaše lhůta, kterou jste správci daně stanovil, bude asi bez účinku (dispozičním úkonem by snad mohlo být prodloužení zákonné lhůty, určitě ne zkrácení), ale jelikož ten přezkum je někdy z jara, patrně stejně není co řešit.
Další otázka je, jaké jsou opravné prostředky, pokud se SO nemá k vrácení, ať už na základě žádosti či ze zákona. V DŘ je obecný prostředek ochranny proti nečinnosti v § 38. O opatření lze požádat, pokud správce daně neprovedl ve lhůtě úkon. Nevím a jsem líný zkoumat, zda vrácení peněz je v tomto smyslu úkonem. Existuje ale ještě speciální prostředek a tím je námitka podle § 159 DŘ. Tu určitě použít lze (to plyne z odst. 6, sice mi není úplně jasné, zda mám k dispozici jen námitku, nebo si mohu vybrat mezi § 159 a § 38, ale je to fuk, protože § 159 DŘ na to jednak líp pasuje, ale hlavně je silnější). Je to opět principiální změna, do 31.12.2020 se např. o žádosti podle § 155 muselo v případě nevyhovění rozhodnout - pak se dalo bránit opravnými prostředky a následně žalobou proti tomuto negativnímu rozhodnutí, resp. proti nečinnosti, pokud správce nic nevrátil ani nerozhodl. Teď je změna, že se nevydává rozhodnutí, žadatel má o nevyhovění být jen vyrozuměn, a primární obranou je pak právě ta námitka podle § 159, o které už rozhodnutí musí být vydáno.
A ještě jiná otázka je, jak a kdy lze jít k soudu. Tedy konkrétně, zda je nutné např. námitku podle § 159 DŘ vyčerpat, a ať už ano či ne, zda žalovat na nečinnost, zásah či proti rozhodnutí (např. o té námitce). Tohle přiznávám nemám analyzované podrobně, ale určitě je funkční (i když možná ne jediná) cesta jít právě přes tu námitku a pokud jí nebude vyhověno, tak pak dát žalobu podle § 65 SŘS proti nepříznivému rozhodnutí o té námitce.