Neboli podle mě je teď věc ve stavu odvolání u SO2 (rozhodnutí o zamítnutí odvolání bylo zrušeno právě tím rozsudkem NSS), takže neexistuje žádné rozhodnutí SO1 v právní moci, které mi uložilo zaplatit pokutu.
Takže podle mého SO1 nárok na pokutu nemá, tedy je možné po nich daňový přeplatek vymáhat.
Ano, neexistuje pravomocné rozhodnutí, je to zpátky v odvolacím řízení, takže vratitelný přeplatek vzniknul.
Vymáhání ale znamená ještě řadu formalit. Nelze jít rovnou za exekutorem nebo k soudu, jak výše padlo. Rozhodnutí NSS v tomto směru není vykonatelný titul (říká jen že ruší nějaké rozhodnutí, což se vykoná samo, ne že SO1 má něco někomu platit). Vykonatelné to bude asi jen ve vztahu k nákladům řízení (předpokládám, že nákladový výrok tam bude, když NSS sám rozhodl a nevracel to zpět k KS), ale ten bude směřovat na žalovaného, tj. SO2.
Nelze jít ani rovnou k soudu. K tomu civilnímu kvůli dělbě kompetencí, protože podle všeho nejde o soukromoprávní nárok z bezdůvodného obohacení či odpovědnosti za škodu, ale o veřejnoprávní poměr v režimu správy daní. Lze to dostat ke správnímu soudu, ale nejdřív je potřeba vygenerovat něco, do čeho by šlo dát žalobu. DŘ nabízí několik cest, ta asi nejpřímější a nejjednodušší je podat proti postupu správce daně námitku podle § 159 DŘ. V textu námitky se polopaticky popíše, v čem je problém, tedy primárně že správce daně v zákonné lhůtě přeplatek nevrátil, a pokud snad shledal nějaké důvody pro nevyhovění žádosti, žadatele o tom nevyrozuměl. O této námitce musí orgán už klasicky formálně rozhodnout a pokud by to bylo negativní, lze do toho podat správní žalobu proti rozhodnutí, pokud by i námitku ignoroval, lze žalovat na nečinnost (IIRC už není nutné uplatnit extra opatření proti nečinnosti, protože podle § 159 DŘ sama ta námitka může sloužit k odstranění nečinnosti, ale to by bylo třeba ověřit, není to můj běžný čálek kávy).
UPDATE: Ještě koukám do DŘ, a podle § 155(3) by teoreticky mohl úřad tu platbu zadržovat s tím, že je to platba na nepravomocné rozhodnutí. Ale to předbíháme, nejdřív je nutné prolomit to, že úřad vůbec nijak nereaguje, a k tomu je výše navrhovaná námitka ten správný nástroj.